La FEF toma cuerpo legal en 1991 para canalizar el apoyo de la comunidad a científicos que deseaban promover y proteger la actividad paleontológica de la región.

Uno de sus objetivos primarios fue la creación de un ámbito propicio para el resguardo del material fósil hallado, de forma que no fuese trasladado a instituciones fuera de la provincia. Así, con una importante visión a futuro, la Municipalidad de Trelew y la FEF firmaron un convenio que reguló el funcionamiento del MEF bajo la administración y dirección de esta última, ratificado por ordenanza del Honorable Consejo Deliberante.

La FEF se constituyó en un canal eficaz para el desarrollo de actividades científicas, educativas y de difusión de los hallazgos realizados. En este sentido, acompañó la evolución inicial del MEF facilitando su vinculación con prestigiosas instituciones museísticas de diferentes lugares del mundo.

La creciente actividad del MEF impulso a la fundación a concretar el anhelado sueño de una sede propia para el MEF y darle a la comunidad el museo que realmente merecía.

En junio de 1999, gracias al trabajo y decisión de quienes ayudaron (desde funcionarios gubernamentales hasta empresarios y científicos), ese objetivo fue logrado con el edificio que hoy conocemos.

Una vez inaugurada la nueva sede, la FEF emprendió un proyecto de autoelevación institucional coordinado por la fundación Compromiso. El análisis crítico y el replanteo de objetivos se cristalizó en el 2000 con la definición de una nueva misión que extiende los alcances de su trabajo más allá de las fronteras del museo.

Actuar en beneficio de redefinir la Ciencia con sentido comunitario; concebirla como un hecho único en el que deben coincidir la producción científica, su difusión y su accesibilidad pública, es el reenfoque que la FEF promueve, sabiendo que eso es posible sólo si las instituciones científicas y museísticas deciden tomar el compromiso de imponerse un modelo de gerenciamiento dirigido fuertemente hacia la comunidad.